Fate/Apocrypha, al igual que otras obras de la franquicia como Fate/stay night o Fate/Zero, nos sitúa en una guerra por el Santo Grial. No obstante, Fate/Apocrypha presenta diferencias respecto a las otras obras. Por un lado, la guerra no se desarrolla en Fuyuki City, sino que está ambientada en un universo paralelo al de Fate/stay night y Fate/Zero. Además, en esta ocasión no hay 7 Servants, sino que hay 14, divididos en dos facciones.
La novela comienza tras el robo del Santo Grial de Fuyuki City después de la Tercera Guerra. La obra se centra en dos facciones, Rojo y Negro, cada una invocando 7 Servants y el propio Santo Grial invocando a un Servant de la clase Ruler, una clase especial que sirve como mediador durante la guerra. Los miembros de la facción roja son enviados por la Asociación de Magos de la Torre del Reloj, mientras que los miembros de la facción negra pertenecen a una organización románica llamada Yggdramillennia.
