La historia de Kanokon gira alrededor de Kouta Oyamada, un joven de primer año de secundaria que se muda a la ciudad y se transfiere a la secundaria Kunpo. En su primer día en su nueva escuela, una hermosa chica de 2ndo año llamada Chizuru Minamoto le pide que la vea en el salón de música. Cuando el llega, ella le confiesa que ella en realidad es una zorra de naturaleza divina y desde ese día los dos empiezan a andar juntos. Nozomu es una chica de primer año en la escuela de Kouta, ella también es una loba de naturaleza divina enamorada de Kouta y es la rival de Chizuru por el afecto de Kouta.
